荧光蛋白作为分子探针可以特异性地标记目标蛋白、细胞结构及细胞器等,在活细胞成像和超分辨率显微技术中发挥着至关重要的作用。其亮度和光稳定性是衡量荧光蛋白在荧光显微成像中应用价值的核心指标。自从1992年成功克隆出第一个绿色荧光蛋白(GFP)以来凯时k66会员登录_凯时,科学家们就致力于提升荧光蛋白的这两个关键属性,以便拓展其在成像技术中的应用范围。
最近,一种源自C. uchidae水母的绿色荧光蛋白被发现具有特别强的光稳定性,并且远超远超已知的任何荧光蛋白,经过工程改造后,其亮度不亚于mNeonGreen,因而被命名为StayGold【1】。然而,StayGold本身是二聚体,限制了其作为荧光标记工具的应用范围。
该研究采用定向进化策略,成功开发出了StayGold的单体版本,命名为mBaoJin。该荧光单体不仅继承了原蛋白的优异特性,还具备了更广泛的应用潜力。通过对mBaoJin在不同pH条件下的晶体结构进行分析凯时k66会员登录_凯时,并将其与StayGold及其他主流荧光蛋白进行比较凯时k66会员登录_凯时,他们还揭示了单体化所必须的关键氨基酸突变,并进一步阐明了其优异光稳定性的分子机制。
mBaoJin,亮度高和光稳定性强,加之其出色的化学稳定性,使其成为研究细胞及亚细胞结构形态和动态变化过程中,特别是超分辨显微成像技术和膨胀显微技术的理想荧光蛋白工具。
为了单体化二聚体绿色荧光蛋白StayGold凯时k66会员登录_凯时凯时k66会员登录_凯时,作者构建图1a的蛋白表达载体,将SatyGold的突变文库与AraC蛋白的DNA结合域(AraCDNA)进行融合。当突变体是单体时,与AraC融合的突变体蛋白驱动报告基因mTagBFP的表达水平比较低;当突变体是二聚体时,与AraC融合的突变体蛋白驱动报告基因mTagBFP的表达水平比较高凯时k66会员登录_凯时。在每轮随机突变过程中,作者挑选蓝色荧光比较暗而绿色荧光最亮的菌落凯时k66会员登录_凯时,并用液相色谱确认它们的寡聚态。经过八轮定向进化后,最终确定一个亮度最高的绿色荧光蛋白单体,同时使用mNeonGreen蛋白的N端和C端作为连接肽段,以确保其在哺乳动物细胞中稳定表达凯时k66会员登录_凯时,并将其名为mBaoJin。
在文中,作者解析了mBaoJin在pH为 6.5凯时k66会员登录_凯时、4.6和8.5时的X射线晶体结构,并与StayGold二聚体结构进行比对,发现mBaoJin在不同pH值下的结构差异不大,mBaoJin的二聚界面在A和B亚基之间的接触较少,mBaoJin的所有结构中荧光团附近的氯离子口袋相似且与StayGold相似苏伊士运河投光灯。为了进一步理解mBaoJin增强光稳定性的分子基础凯时k66会员登录_凯时,作者对与荧光基团相互作用的位点134凯时k66会员登录_凯时、137凯时k66会员登录_凯时、152(按PDB中的编号)的氨基酸进行了点突变凯时k66会员登录_凯时。结果发现,mBaoJin/N137K、mBaoJin/S134P和mBaoJin/V152E突变体的光漂白速度比mBaoJin快1.5-6.5和4.5倍。比较耐光漂白的mBaoJin蛋白和较不耐光漂白的mNeonGreen及EGFP蛋白的荧光团环境凯时k66会员登录_凯时凯时k66会员登录_凯时,发现耐光漂白的mBaoJin蛋白在荧光基团周围形成更多的氢键和疏水键凯时k66会员登录_凯时凯时k66会员登录_凯时。
在验证mBaoJin为单体蛋白后凯时k66会员登录_凯时凯时k66会员登录_凯时,作者进一步对纯化的mBaoJin蛋白的光谱和生化属性进行了表征。实验发现,与StayGold相比,mBaoJin所产生的单体化突变并未改变吸收和荧光光谱特性。然而,mBaoJin的分子亮度比StayGold低1.09倍,但比mNeonGreen亮1.24倍。在低激发强度(约13 mW/mm2,活细胞成像条件)下,mBaoJin的光稳定性比EGFP、mNeonGreen和mGreenLantern分别高15倍、9倍和130倍,尽管在高功率(约120 mW/mm2)下这种差异不那么显著。mBaoJin在37℃下快速成熟,成熟时间半值为7.5分钟凯时k66会员登录_凯时,比StayGold、mNeonGreen和EGFP分别快1.8倍、2.2倍和1.8倍,是最快成熟的荧光蛋白之一凯时k66会员登录_凯时。此外,mBaoJin的荧光表现出极高的化学稳定性凯时k66会员登录_凯时,与其他单体GFPs相比,mBaoJin具有较高的pH稳定性,pKa值为4.37凯时k66会员登录_凯时。mBaoJin在6M GdnHCl中孵育24小时后,其荧光增加了18%,而化学稳定性最强的荧光蛋白之一hfYFP的荧光仅增加了1%,StayGold的荧光减少了2%,mNeonGreen的荧光则完全猝灭。
在HEK和HeLa细胞中,通过P2A使 mBaoJin与红色荧光蛋白(FusionRed或mCherry)共表达,红色荧光则对蛋白的表达水平进行归一化。与EGFP相比凯时k66会员登录_凯时,mBaoJin在HEK和HeLa细胞中的细胞内亮度一致地高出约70-140%,同时与(n1)StayGold(c4)和mStayGold相当凯时k66会员登录_凯时凯时k66会员登录_凯时。此外凯时k66会员登录_凯时,mBaoJin在经过膨胀显微前处理的HEK细胞中凯时k66会员登录_凯时,其亮度分别比mNeonGreen凯时k66会员登录_凯时、hfYFP和mStayGold高出17倍、1.4倍、3.8倍凯时k66会员登录_凯时。在HEK细胞进行的光漂白实验中,作者使用了比平时活细胞成像高3.5倍的照明功率(即50.5 mW/mm2),以便在较短时间内观察到光漂白率的差异。除了StayGold及其衍生荧光蛋白比mBaoJin高1.9至2.3倍的光稳定性亮度,mBaoJin的光漂白速度比其他现有的GFPs慢了4.6至85倍。StayGold的串联二聚体td8ox2StayGold凯时k66会员登录_凯时,在亮度和光稳定性方面超过了所有测试的GFPs,在HEK细胞中表现最出色。
在线虫中,mBaoJin在神经元中的细胞内亮度比mNeonGreen高出约2倍,在连续的宽场照明下凯时k66会员登录_凯时凯时k66会员登录_凯时凯时k66会员登录_凯时,mBaoJin展现了比mNeonGreen慢4倍的光漂白速率,在15分钟的光漂白后保留了超过50%的初始荧光。
在活的小鼠脑组织中,mBaoJin比mNeonGreen亮1.7倍,但比mStayGold暗1.7倍。然而,在PFA固定的脑组织中,mStayGold和mBaoJin表现出相当的亮度和光稳定性,显著优于mNeonGreen。由于mBaoJin的高化学稳定性凯时k66会员登录_凯时,将其应用在HeLa细胞的线粒体、微丝微管以及小鼠脑组织的膨胀显微成像中。重要的是,mBaoJin在膨胀的脑组织中也保持了其高光稳定性凯时k66会员登录_凯时,使得能够进行大体积的超分辨率成像凯时k66会员登录_凯时,同时减少光漂白。
西湖大学Kiryl D. Piatkevich研究员和莫斯科国立大学Fedor V. Subach教授为该论文的共同通讯作者,西湖大学博士研究生张汉斌和莫斯科国立大学Gleb D. Lesnov博士研究生为该论文的共同第一作者凯时k66会员登录_凯时凯时k66会员登录_凯时,西湖大学博士研究生张文皓和科研助理Stavrini Papadaki参与了部分研究工作凯时k66会员登录_凯时。论文中用到的质粒可通过西湖实验的质粒平台免费获取:凯时k66会员登录_凯时。
另外甚长基线干涉仪,Kiryl D. Piatkevich于2023年在 Nature Methods 发表了一篇对近红外荧光蛋白进行系统性表征的论文,相关的质粒也可在西湖实验的质粒平台获取凯时k66会员登录_凯时。WeKwikGene是中国第一个质粒库,由Piatkevich教授发起,由西湖生命科学与生物医学实验室资助。所有质粒都经过严格的质量控制和测试凯时k66会员登录_凯时凯时k66会员登录_凯时。在网站上,您可以找到每个质粒的完整序列,同时它提供了用户友好的体验,支持用户帐户和实验室页面的创建凯时k66会员登录_凯时,并提供了增加科学工作可见性的机会凯时k66会员登录_凯时。WeKwikGene保证高质量质粒的快速和免费传递凯时k66会员登录_凯时,以支持和促进开放科学。
Kiryl D. Piatkevich博士的研究方向是研发和设计尖端分子和成像技术,用于分析凯时k66会员登录_凯时、控制和修复复杂生物系统凯时k66会员登录_凯时凯时k66会员登录_凯时,如大脑。设计和开发用于光学记录和操控神经元活动的遗传编码分子工具,以及用于神经元解剖学追踪的荧光探针凯时k66会员登录_凯时凯时k66会员登录_凯时。Piatkevich实验室将系统地应用其研发的技术来揭示脑紊乱的分子机制并揭示神经编码的基本原理灯丝。这是一个跨学科研究计划,涵盖合成和化学生物学、生物工程、生物化学凯时k66会员登录_凯时、生物技术、分子体内成像凯时k66会员登录_凯时、神经科学、机器人和细胞生物学等领域凯时k66会员登录_凯时,期待有兴趣的优秀博后加入,共同探索大脑未解之谜凯时k66会员登录_凯时!
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